Die Universität St.Gallen beherbergt fünf Schools (Abteilungen):
Die fünf Schools sind für die Lehre verantwortlich und bieten eine grosse Anzahl an Bachelor- und Masterstudiengängen sowie Doktoratsprogrammen an. Zudem betreiben alle Schools Grundlagenforschung. Mit den Instituten und Forschungsstellen sind die Schools eng verknüpft.
Die fünf Schools bieten eine ganzheitliche und praxisnahe Ausbildung, die über den eigenen Fachbereich hinausgeht. Den grössten Bereich der integrativen Lehre stellt die wirtschaftswissenschaftliche Abteilung mit der School of Management (SoM-HSG), der School of Finance (SoF) und der School of Economics and Political Science (SEPS). Die Law School (LS) ist wirtschaftsrechtlich ausgerichtet und deckt das Rechtsstudium mit hohem Praxisbezug ab. Der «School of Humanities and Social Sciences» (SHSS) kommt eine besondere Rolle zu. Sie vereint verschiedene Geistes- und Sozialwissenschaften und bietet den Studierenden eine allgemeine, die Fachausbildung gezielt ergänzende akademische Bildung an.
Auch die Dozierenden der Universität St.Gallen sind mit den Schools verbunden. So ist jede Dozentin und jeder Dozierent einer Abteilung zugehörig. Die Ordentlichen Professorinnen und Professoren gehören zudem der Abteilungsversammlung der jeweiligen School an. Die Abteilungsversammlung ergänzt sich mit einer angemessenen Vertretung des Mittelbaus und der Studentenschaft. Geleitet wird die Abteilungsversammlung vom Dean (Abteilungsvorstand), welcher von der Versammlung jeweils gewählt wird und die School für jeweils zwei Jahre leitet.
Die Schools sind selbständige Einheiten der Universität ohne eigene Rechtspersönlichkeit. So ist der Dean unter anderem für die Erfüllung der Zielvereinbarung und Leistungsvereinbarungen sowie der mittelfristigen Aufgaben- und Finanzplanung der School verantwortlich. Zudem übernimmt er die Verantwortung der Personalentwicklung in seiner School und fördert so auch den Nachwuchs. Zudem vertritt der Dean die School in den gesamtuniversitären Gremien.
Die sogenannte «sechste School», die Executive School of Management, Technology and Law (ES-HSG), ist als Institut mit besonderen gesamtuniversitären Aufgaben konzipiert. Sie soll mit ihren Weiterbildungsangeboten zum guten Ruf der HSG beitragen. Sie unterstützt finanziell den Gesamthaushalt der Universität.